셀 애니메이션-을 찾아보니 배경은 놔두고 캐릭터만 움직이는 '기법'이라고 적혀있습니다.

포토샵으로 말하자면 가장 맨 밑에 배경레이어를 깔아두고 그 위에 캐릭터 레이어를 프레임대로 움직이는 방법이겠죠.

이경우 툴이라는것보단 말그대로 레이어를 이용한 기법입니다.

아시겠지만, 애니메이션의 한 장면은 그림 한장이 아니라 여러 그림이 겹쳐져서 그려진 한 화면입니다.

그걸 필요한 부분은 움직이고, 바꾸고. 냅둘 부분은 놔두고. 이런식으로 움직이는 것이므로 따로 툴이 있다거나 하진 않는것 같습니다.