영문판 포토샵의 경우로 설명드립니다(한글판은 메뉴를 잘 몰라서;;)

우선, 레이어를 하나 만든뒤 레이어 속성(레이어창 윗쪽) 을 multiply 로 해줍니다.
어떤색이든 (머리카락에 들어갈 색으로 해주는것이 좋겠지요) 원하는 부분을 칠해주고
및스케치(혹은 외곽선)에 따라 정리해줍니다 (지워주는것이죠)

이후, 명암등을 넣을때마다 칠하고 지우고를 반복하는 노가다를 피하기 위해서는
레이어창에 보면 속성과 Opacity를 정해주는곳 바로 아래
Lock: ㅁ ㅁ ㅁ ㅁ 이런 부분이 보일겁니다.
여기서 첫번째부분(투명한곳 보호기능)에 체크해주면, 체크해준 레이어는 색칠되었던
이전 부분에서만 덧칠이 되어집니다 (한번 실험해보시면 쉽게 이해가 가실듯)

참고로, 마법툴을 이용해 선을 보호하고 색을 칠하는것도 좋지만,
레이어를 이용해 칠해주는것이, 선과 채색된 부분간에 하얀부분(빈공간)이 생기는것을 막아주어
선과 채색간의 부드러운 연결로 해주고, 그에따라 더 자연스러운 채색을 할수있게 될겁니다^^

또한, 선택툴 등을 이용하여 직접 원하는 부분을 선택해주는 경우, 그려진 (펜)선이 약간 포함되게
선택되어주고, 역시 선이 그려진것과 다른 레이어에 fill(혹은 채색)을 해주면 더 좋습니다.
이때도 레이어 속성은 multiply겠죠^^