우선, 연필이나 기타 도구로 밑그림을 그려놓은 것을
포토샵에서 열어주시고요.

오른쪽 하단쪽에 보시게 되면 layer라는 창이 보입니다.
그곳에서 new layer(새 레이어)를 생성해주시고
레이어 창 윗부분에 있는 normal 부분을 multiply로 바꿔주신뒤,
채색을 하시게 되면, 아래 있는 선이라던가는 보호되면서 채색이 됩니다.

마법봉툴이나 패스 등으로 스케치 부분을 제외한 곳을 선택하여 그곳만 칠해주는 방식도 있지만,
그렇게 할 경우
선과 채색된 부분사이에 칠해지지 않는 영역이 생기거나
혹은 스케치의 흐릿한 부분이 날아가기도 하기 때문에
그림이 깔끔하게 보이지를 않게 되지요.

아무래도 레이어를 이용해 칠하는 이 방법이 가장 깔끔하게 나오는 방법이라고 생각되네요